Apesar da tentativa do governo brasileiro de fortalecer o desenvolvimento da Ciência & Tecnologia com pacotes de investimentos relevantes no segmento, existem problemas na gestão desses recursos que, na maioria das vezes, são decorrentes de gestão inadequada. A administração ineficaz pode produzir graves consequências para algumas instituições como o risco de encerramento de suas atividades. Nesse sentido, faz-se necessário que as organizações aprimorem a gestão dos recursos sob sua responsabilidade. Assim, o objetivo principal desse artigo é estudar o processo de gestão dos projetos destinados a pesquisas e atividades científicas de uma Fundação de Apoio a Pesquisas Científicas ligada ao Ministério da Ciência e Tecnologia (MCT), utilizando a metodologia e as ferramentas do Processo de Raciocínio da Teoria das Restrições com o intuito de verificar e apontar a eliminação das restrições do sistema, para a melhoria de eficiência em seu desempenho global e para sugerir mudanças na gestão tradicional. Os resultados evidenciaram que, através da aplicação das cinco estruturas lógicas do Processo de Raciocínio, há a viabilidade da utilização da técnica em uma instituição de fomento a pesquisas e atividades científicas, sendo praticável diagnosticar os principais problemas e propor injeções adequadas para solucioná-los.