A gestão das compras governamentais é um tema que assume um papel de destaque no cotidiano dos gestores públicos brasileiros. Ao mesmo tempo, representa um desafio por questões relacionadas aos aspectos legais, eficiência e eficácia administrativa. O objetivo geral do artigo é avaliar o gasto com a aquisição de medicamentos por meio de atas de registro de preços, no âmbito da Secretaria Municipal de Saúde de Manaus, tendo como recorte temporal os exercícios orçamentários dos anos de 2013 a 2015. Para tanto, foi realizado um estudo de caso de natureza exploratória. Os dados foram coletados por meio de pesquisa documental junto ao Sistema de Protocolo da secretaria, foram categorizados e geraram um banco de dados que possibilitou a análise dos processos de aquisição de medicamentos. Os resultados da pesquisa indicam que o investimento na aquisição de medicamentos independe da dotação orçamentária e a eficiência do processo de compras de medicamentos está associada à gestão da cadeia de todo o processo de aquisição.